A cidade foi construída à volta da fortaleza de Ordensburg Marienburg, fundada em 1274, na margem direita do rio Nogat, pelos cavaleiros teutónicos. Tanto o castelo como a vila de Marienburg devem o seu nome à sua santa padroeira, a virgem Maria. Este castelo fortificado tornou-se o quartel general da ordem dos cavaleiros teutónicos e a maior fortaleza gótica. Durante a Guerra dos Treze Anos, o castelo foi aberto pelos cavaleiros teutónicos aos seus soldados imperiais da Boémia. Foi vendido em 1457 ao rei Casimiro IV da Polónia, separando-se da cidade em termos políticos, uma vez que os cidadãos da cidade resistiam à Polónia.
Em constante construção durante quase 230 anos, o Ordensburg Marienburg é, na realidade, um conjunto de 3 castelos encaixados entre si. É um exemplo clássico de uma fortaleza medieval e o maior castelo do mundo feito com tijolos. Constitui um dos exemplos mais impressionantes do seu género na Europa, pertencendo ao património da humanidade definido pela Unesco.
A povoação de Marienburg cresceu na vizinhança do castelo. O rio Nogat é os terrenos planos facilitaram os acessos. Durante o governo prusso dos cavaleiros teutónicos, estes cobravam portagens sobre o tráfego no rio e impuseram o monopólio do comércio de âmbar. A cidade tornou-se membro da liga hanseática, mas tarde, tendo sido palco de muitas das suas reuniões.
Quando o castelo foi vendido ao rei da Polónia, em 1457 e os cavaleiros teutónicos se foram embora, a cidade de Malbork, sob a administração de Bartholomäus Blume, resistiu aos polacos durante 3 anos. Quando os polacos acabaram por conquistar a cidade, foi enforcado. A história da cidade foi partilhada com a da Prússia, a partir de então.
Após a segunda guerra mundial, Marienburg foi colocada sob administração polaca, sob o nome de Malbork.