Até 1674
A região onde actualmente se localiza a cidade de Nova Iorque era habitada anteriormente por nativos americanos, principalmente pelo povo nativo americano Lenape. Acredita-se que o primeiro explorador europeu a explorar a região foi o italiano Giovanni da Verrazano, em serviço ao Rei Francisco I de França. Verrazzano desembarcou na atual ilha de Staten, em 1524, enquanto explorava a costa americana.
Outros exploradores também passaram pela região, após Verrazzano, seguindo descrições dadas pelos nativos Lenape, sobre a existência de uma ilha que eles chamavam de Manahata, mas nenhum deles conseguiu localizar a tal ilha, que é atualmente Manhattan. Foi somente em 1609 que Henry Hudson localizou e desembarcou na ilha de Manhattan. Hudson era um inglês em serviço dos Países Baixos, e, naturalmente, os neerlandeses tomaram posse da área descoberta. Eles nomearam a região de Novos Países Baixos.
Em 1613, o explorador e comerciante neerlandês Adriaen Block e sua tripulação tornaram-se os primeiros europeus a viverem na ilha de Manhattan, quando passaram o inverno deste ano na ilha, em pequenas cabanas de palha, devido a um incêndio que destruiu do navio em que eles viajavam. No final do inverno, já em 1614, Adrien e sua tripulação construíram um novo navio, e saíram de Manhattan na primavera.
Em 1624, a Companhia Holandesa das Índias Orientais, uma empresa de comércio e colonização, mandou um grupo de assentadores à Manhattan. Em 1625, tais assentadores construíram uma cidade e um forte chamado Forte Amsterdam, no sul da ilha. No ano seguinte, o governador dos Novos Países Baixos comprou aos nativos algoquian o terreno da ilha de Manhattan por produtos (cujo valor total era de 24 dólares americanos, em valores atuais).
A cidade construída na ilha de Manhattan logo foi nomeada de Nova Amsterdam. Nova Amsterdam cresceu lentamente durante seus primeiros anos, por causa da péssima administração dos primeiros governadores mandados pela metrópole, para a administração Novos Países Baixos. Mas, em 1647, com o competente Peter Stuyvesant assumindo este cargo, a colônia neerlandesa prosperou rapidamente.
Cerca de mil habitantes viviam na cidade, por volta de 1650. Em 1653, os colonizadores construíram uma muralha ao sul da cidade, por medo de ataques dos nativos americanos. Mas o muro caiu em poucos anos, e em seu lugar, os colonizadores construíram uma rua, que seria posteriomente conhecida como Wall Street.
A prosperidade económica da cidade e a pouca importância dada pelos governadores da colónia neerlandesa ao balanço étnico-racial da comunidade, atraiu imigrantes como espanhóis e judeus e africanos. Entre eles, em 1654, um grupo de judeus, que haviam sido expulsos do Brasil. De fato, na primeira sinagoga localizada em Manhatan ainda se lê alguns pergaminhos em português

1674 - 1760
Os Países Baixos e a Inglaterra enfrentaram-se em três guerras, as Guerras Anglo-Neerlandesas, que duraram entre 1652 a 1670. Em 1664, a força naval inglesa forçou entrada na baía de Nova Iorque, e capturando a cidade de Nova Iorque enfrentando mínima resistência dos habitantes da cidade. Os ingleses renomearam a cidade de New York, em homenagem a James, Duque de York.
Em 1673, os neerlandeses recuperaram novamente a cidade, e o renomearam de New Orange, mas um ano depois, em 1674, cederam definitivamente a cidade aos ingleses (bem como toda a região de Novos Países Baixos), após a derrota neerlandesa na Terceira Guerra Anglo-Neerlandesa.
A cidade cresceu rapidamente sob controle inglês. Em 1700, a cidade possuía uma população de sete mil habitantes, e ruas e estruturas cobriam a parte inferior de Manhattan. O primeiro jornal diário da cidade, o New York Gazette, foi impresso pela primeira vez em 1725. Liberdade de imprensa foi instituída em 1735. Em 1754, foi construída a primeira faculdade da cidade, a King's College, que é atualmente a Universidade de Columbia. Em 1756, o Dia de São Patrício foi celebrada em 17 de março, que desde então é famosa mundialmente como a parada de São Patrício, que é um feriado na cidade e tem influência direta dos imigrantes Irlandeses - as pessoas saem às ruas vestidos de verde para o desfile.

1674 - 1760
Os Países Baixos e a Inglaterra enfrentaram-se em três guerras, as Guerras Anglo-Neerlandesas, que duraram entre 1652 a 1670. Em 1664, a força naval inglesa forçou entrada na baía de Nova Iorque, e capturando a cidade de Nova Iorque enfrentando mínima resistência dos habitantes da cidade. Os ingleses renomearam a cidade de New York, em homenagem a James, Duque de York.
Em 1673, os neerlandeses recuperaram novamente a cidade, e o renomearam de New Orange, mas um ano depois, em 1674, cederam definitivamente a cidade aos ingleses (bem como toda a região de Novos Países Baixos), após a derrota neerlandesa na Terceira Guerra Anglo-Neerlandesa.
A cidade cresceu rapidamente sob controle inglês. Em 1700, a cidade possuía uma população de sete mil habitantes, e ruas e estruturas cobriam a parte inferior de Manhattan. O primeiro jornal diário da cidade, o New York Gazette, foi impresso pela primeira vez em 1725. Liberdade de imprensa foi instituída em 1735. Em 1754, foi construída a primeira faculdade da cidade, a King's College, que é atualmente a Universidade de Columbia. Em 1756, o Dia de São Patrício foi celebrada em 17 de março, que desde então é famosa mundialmente como a parada de São Patrício, que é um feriado na cidade e tem influência direta dos imigrantes Irlandeses - as pessoas saem às ruas vestidos de verde para o desfile.

1880 - 1940
Mulberry Street, em Manhattan, em 1900.Em 1883, a Ponte Brooklyn foi inaugurada, conectando a ilha de Manhattan com a cidade vizinha de Brooklyn. Em 1898, Brooklyn, bem como as diversas comunidades que atualmente formam Bronx, Queens e Staten Island, foram fundidas com Manhattan, para formar o que foi chamado de Grande Nova Iorque. Esta nova cidade era gigantesca, para padrões da época. Então, cerca de três milhões de pessoas viviam em Nova Iorque, com dois milhões apenas em Manhattan.


Lower Manhattan, Nova Iorque, 1942.Com a construção de inúmeras pontes conectando as cinco regiões da cidade, bem como a construção de um eficiente sistema de metrô, facilitou a locomoção de pessoas e veículos ao longo da cidade. Como consequência, muitos habitantes abandonaram Manhattan, movendo-se para outras regiões da cidade.
Manhattan, porém, continuou como o distrito mais poderoso da cidade, bem como um dos principais centros financeiros do mundo. Por volta de 1905, a importância de Nova Iorque no cenário da economia mundial havia ultrapassado àquela de Londres. Enquanto isto, a Tammany Hall Society continuava a exercer grande influência em Nova Iorque, até 1934, quando o republicano Fiorello LaGuardia foi eleito prefeito da cidade.
Em 1930, já com mais de sete milhões de habitantes, Nova Iorque foi atingida pela Grande Depressão. Para resolver os grandes problemas socio-econômicos, grandes estruturas, como pontes e prédios foram construídos. Houve também uma corrida, pela construção do prédio mais alto na cidade, que resultou na construção de grandes arranha-céus como o Chrysler Building e o Empire State Building.

1940 - 2000
As extintas torres gêmeas do World Trade Center.Desde o fim da Segunda Guerra Mundial, Nova Iorque foi afetada por inúmeros problemas. Poluição do ar e da água, congestionamentos em ruas, vias expressas, rodovias e no sistema de transporte público, falta de casas e apartamentos de baixos preços para pessoas de baixa renda mensal, alta taxa de criminalidade, conflitos raciais, e uma série de greves na década de 1960 e década de 1970.
Uma crise financeira atingiu a cidade em 1975, quando a municipalidade não dispunha de suficientes recursos econômicos para o pagamento dos salários dos funcionários públicos. Este problema foi minimizado com aumento de impostos, eliminação de milhares de postos de trabalho e redução na quantidade de serviços públicos oferecidos pela municipalidade. Em 13 de julho de 1977, um blecaute, que durou por 25 horas, causou caos e roubo de propriedades. Estes problemas fizeram com que aproximadamente um milhão de pessoas, a maioria, brancos e de classe média, abandonassem Nova Iorque, movendo para outras cidades na região, uma perda que seria recuperada apenas na década de 1990. O número de pessoas vivendo abaixo da linha de pobreza e de sem-tetos aumentou drasticamente durante a década de 1980, e a taxa de criminalidade continou muito alta. Tensões raciais também continuaram em alta durante a década de 1980, com três afro-americanos sendo assassinados em bairros considerados "brancos" (em 1982, 1986 e 1989, respectivamente), bem como o estupro de uma mulher branca por uma gangue de afro-americanos em Central Park, em 1989.
Em 4 de abril de 1973, o World Trade Center foi inaugurado. Em fevereiro de 1993, uma bomba explodiu numa garagem do World Trade Center, matando seis pessoas e ferindo outras mil, e causando cerca de 300 milhões de dólares, em danos. Neste mesmo ano, Rudolph Giuliani foi eleito prefeito da cidade, servindo até 2001. Sob seu comando, a economia da cidade cresceu, cerca de um milhão de imigrantes desembarcaram em Nova Iorque, a taxa de criminalidade caíra, e o valor da terra aumentara. Nova Iorque também aproveitou-se de mudanças na economia mundial, que provaram ser especialmente favoráveis para a cidade, por causa de seus sistema de transporte altamente desenvolvido e sua infra-estrutura de telecomunicações, bem como sua grande população. Durante a década de 1990, Nova Iorque passou de uma metrópole em decadência para uma cidade global em plena revitalização.

Desde 2000
Memorial do World Trade Center, 2004, em Manhattan. As torres foram destruídas nos Ataques de 11 de Setembro, em 11 de setembro de 2001.Em 11 de setembro de 2001, nos Ataques de 11 de Setembro, ambas as torres do World Trade Center foram atingidas por um Boeing 767 cada, causando a completa demolição delas. O Pentágono também foi atingido por um 767 sequestrado, e um quarto avião, também um 767, se chocou em solo na Pensilvânia. Aproximadamente três mil pessoas morreram, no total. Após este atentado, o pior na história americana desde o Ataque japonês a Pearl Harbor, foi realizada a limpeza dos destroços na área onde ficava o World Trade Center, conhecida como Ground Zero. O Freedom Tower será construída em seu lugar. A construção do novo arranha-céu iniciou-se oficialmente em 27 de abril de 2006. Sua inauguração está prevista para 2009, e será um dos arranha-céus mais altos do mundo, e possivelmente o mais alto do continente.
Os Ataques de 11 de Setembro causaram grande impacto na cidade. Problemas de saúde, resultante da formação de grande quantidade de poeira, quando as torres desabaram, causaram e ainda continuam a causar problemas respiratórios em vários habitantes da cidade. Inúmeras pessoas, especialmente crianças, foram afetadas por problemas psicológicos. Apesar destes efeitos negativos, o ataque também criou um senso de orgulho nova-iorquino entre os habitantes da cidade, e o medo de possíveis ataques terroristas caiu dramaticamente.
Em 12 de novembro de 2001, um avião da American Airlines caiu em Queens, matando todos seus 260 passageiros e tripulantes, bem como outras cinco pessoas em solo. Um blecaute em 14 de agosto de 2003, que durou 24 horas, atingiu Nova Iorque, bem como outros Estados no nordeste dos Estados Unidos, deixando também a província canadense de Ontário sem eletricidade.
Nova Iorque foi uma das candidatas aos Jogos Olímpicos de Verão de 2012, mas sua candidatura para sediar os jogos de 2012 foi descartada logo no início das avaliações dos candidatos. Eventualmente, em julho de 2005, Londres seria escolhida para sediar os jogos olímpicos de verão de 2012.
Em 11 de outubro de 2006, um avião, pilotado por Cory Lidle, jogador de basebol do New York Yankees, e seu instrutor, chocou-se com um prédio residencial em Manhattan, às 2:42 da tarde, horário local. O acidente, que ocorreu exatamente cinco anos e um mês após os Ataques de 11 de Setembro, fez com que terrorismo fosse cogitado como uma possibilidade, logo descartada pelo FBI. Ambos os tripulantes morreram no acidente