Ubatuba aparece desde os primórdios na História do Brasil. Os índios tupinambá foram os primeiros habitantes da região. Quem nos dá esta notícia é Hans Staden, que capturado pelos autóctones na metade do século XVI, quase foi devorado num ritual de canibalismo, tendo ficado preso numa aldeia em Angra dos Reis chamada de Uwatibi (Ubatuba), cujo nome também era o do local da atual cidade de Ubatuba,. Tanto Hans Staden como os autores Jean de Lery [6] e André Thevet  mencionam ter sido Cunhambebe (pai, figura diversa daquela do filho, o qual teria alcançado Anchieta) o chefe supremo dos tupinambás, cujo território ia desde o Rio Juqueriquerê em Caraguatatuba, até o Cabo de São Tomé, no Rio de Janeiro, abrangendo não somente o local da cidade, assim como todo território ao longo do Rio Paraíba do Sul (São José dos Campos, Taubaté, etc).
Em Ubatuba, parece não ter havido ao menos nos primórdios, nenhuma aldeia (nenhuma menção na obra de Hans Staden); teria sido inicialmente somente o lugar onde os índios se reuniam com "muitas canoas" em expedições de guerra para a região de Bertioga (paratyoca) e São Vicente (upaunema). Contudo, na época de Anchieta, muito posterior à Hans Staden, noticia-se a existência da aldeia de Iperoig  nos relatórios do missionário José de Anchieta ao Provincial da Ordem dos Jesuítas, contando sobre os conflitos existentes na região.

Confederação dos Tamoios e a Paz de Iperoig
Os índios tupinambás, aqui chamados de tamoios (os mais velhos, os pais) eram excelentes canoeiros e caçadores. Viviam em paz, embora sempre em conflito com os irmãos tupiniquins, habitantes da região mais ao sul, desde São Vicente e Itanhaém até Cananéia. Com a chegada dos portugueses que escravizaram os índios para utlizá-los no trabalho escravo em engenhos de cana-de-açúcar em São Vicente, destruindo as famílias indígenas, os tupinambás fizeram firme aliança com os mairs (franceses) da França Antártica na Guanabara (o Rio de Janeiro sequer havia sido fundado), se organizando numa Confederação com invejável poderio de guerra, sob a chefia de Cunhambebe (filho) Confederação dos Tamoios, colocando pois, em risco, a posse da terra pelos perós (portugueses). Contudo, nunca houve um conflito direto.
Em 1563, após José de Anchieta ter passado a quaresma em Itanhaém que na época abrangia Peruíbe, ambos os jesuítas Manuel da Nóbrega e José de Anchieta partiram de São Vicente no barco de José Adorno com destino a Aldeia de Iperoig, numa missão articulada pelos portugueses para pacificar os índios fronteiros, haja vista que a maior parte das aldeias tupinambás localizava-se em torno da Baía da Guanabara. Como os Confederados Tamoios desconfiaram da palavra dos portugueses, Anchieta ficou como refém durante vários meses em Ubatuba (Iperoig), enquanto Nóbrega voltou a São Vicente acompanhado de Cunhambebe (filho) para finalizar o Tratado de Paz que passou a figurar na História do Brasil como "A Paz de Iperoig" (O Primeiro Tratado de Paz Das Américas). Anchieta enquanto prisioneiro escreveu na areia da Praia de Iperoig, o célebre "Poema à Virgem", com 4.072 versos em latim.

Criação do Município
Com a paz restabelecida e desarmados os Índios do Rio, os portugueses destruíram o grosso da nação tupinambá em conflitos na Guanabara (uruçumirim - morte de Estácio de Sá com uma flechada no olho) e em Cabo Frio (gecay), expulsando os franceses [10]. Os tupinambás que restaram embrenharam-se nos matos (segundo a obra do "seo" Filhinho, "Ubatuba") ou migraram para outras regiões. Contudo, os índios da região de Ubatuba permaneceram no local, tendo formado assim, a população caiçara da região (São Sebastião, Caraguatatuba, Ubatuba, Paraty e Angra) assim como a população cabocla ao longo do Rio Parahyba do Sul. Fundado o Rio de Janeiro, o governador-geral tomou providências para colonizar a área de Ubatuba, com a intenção de assegurar a posse para a colônia de portugueses. A aldeia foi elevada a categoria de Vila em 28 de outubro de 1637 com o nome de Vila Nova da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba.
No entanto Ubatuba começou a ser colonizada em 1600 por Inocêncio de Unhate, Miguel Gonçalves, Gonçalo Correia de Sá e seu irmão Martim de Sá. Mais tarde a donatária da capitania, Mariana Sousa Guerra - a Condessa de Vimieiro, da Capitania de Itanhaém, doou a sesmaria a Maria Alves que não podendo colonizar passou o registro das terras em 1610 para Jordão Homem da Costa, construindo a Capela de Nossa Senhora da Conceição continuando a colonização da Aldeia de Iperoig, que em 1637 foi elevada a Vila, com o nome de Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Durante o século XVII, a produção agrícola cresceu e a Baía de Ubatuba se transformou no mais movimentado Porto da Capitania de São Vicente. No entanto, a Vila de Ubatuba pertencia à jurisdição do Rio de Janeiro, até que uma ordem do Rei subordinou a São Paulo.
Com esse ato, Bernardo José de Lorena, governador da capitania de São Paulo, tinha poderes para manipular o controle do porto, em 1789, esse governo determinou que "toda e qualquer exportação só poderia ser feita pelo Porto de Santos e diretamente ao Reino". Essa ordem causou grande impacto na agricultura e cultivo foi o início da "primeira decadência do município".
Melo de Castro e Mendonça, sucessor de Bernardo José de Lorena, ao tomar posse em 28 de junho de 1797, logo procurou averiguar a razão das queixas dos habitantes do litoral.
Verificou que a proibição da exportação era realmente um entrave a economia de Ubatuba, concedendo em 28 de setembro de 1798, a liberdade de comércio e livre exportação.

Ascensão e Decadência Econômica
De 1800 a 1890 Ubatuba teve o privilégio de ser uma cidade rica, por três vezes a arrecadação do município superou a de São Paulo, o motivo foi à reabertura do Porto. Os ricos exportadores voltaram a reativar seus negócios, nesse período foram construídos os mais imponentes prédios, casas de comércio, escritórios de exportação e luxuosas residências, evidenciando o teatro, onde atualmente funciona o Fórum da Comarca.
Ubatuba chegava ao apogeu econômico e a euforia chegou a ponto dos exportadores planejarem uma ferrovia para modernizar o Porto e fazer concorrência com Santos e Rio de Janeiro e atender os agricultores do Sul de Minas. Mas a pressão dos concorrentes dos outros Portos fez com que o governo decretasse a primeira moratória do Brasil, para impedir a construção da ferrovia.
Os ricos mudaram de cidade, ficaram os pobres e pequenos comerciantes vendo os imponentes sobrados sendo destruídos pelo abandono. Uma tentativa de se construir uma ferrovia entre Taubaté e Ubatuba foi vista com muita esperança, mas a proposta fracassou. A população diminuiu em duas mil pessoas. A estrada da serra ficou praticamente desativada e o tráfego marítimo foi reduzido a um navio de dez em dez dias, no caminho entre Santos e Rio de Janeiro. Ubatuba voltava ao isolamento, não havendo estrada terrestre ao longo do litoral, com toda a comunicação sendo realizada através de canoas.
Somente em 21 de abril de 1933 houve uma nova esperança. Era o engenheiro Mariano Montesanti que descia a serra no seu carro inaugurando a estrada que construiu, ligando o município a Taubaté por rodovia, o que despertou uma nova etapa na história de Ubatuba.

Dias Atuais
Em 1948 conquistou a categoria de estância balneária, em 1950 os taubateanos iniciaram a construção de casas de veraneio e obteve um impulso em 1964, quando o industrial e mecenas Francisco Matarazzo Sobrinho (o Ciccillo Matarazzo) foi eleito prefeito da cidade, e buscou seu desenvolvimento, convocando arquitetos e paisagistas, constituindo uma arquitetura com proporções bem resolvidas, simplicidade construtiva, linhas harmoniosas e respeito ao clima e ao meio ambiente. Com o passar dos anos Ubatuba sofreu demasiadamente com a especulação imobiliária desenfreada, fazendo com que grande parte de seu rico patrimônio histórico fosse se perdendo, sendo demolido para construção de apartamentos, casas de veraneio e lojas comerciais. Hoje em dia infelizmente pouco sobrou deste rico patrimônio arquitetônico, sendo possível destacar principalmente o Sobradão do Porto, localizado no centro da cidade. Até hoje a cidade sofre a consequência do crescimento desordenado e do turismo especulativo.
Pequeno monumento indicando o trópico de Capricórnio em Ubatuba
Hoje Ubatuba resgata seu passado na cultura caiçara, nas ruas, nas festas de origem portuguesa e nos edifícios históricos, revelando seu potencial como Estância Balneária para o Turismo.
OBS.: Em 1637 a então Aldeia de Iperoig se tornou Vila com o nome de Vila da Exaltação à Santa Cruz do Salvador de Ubatuba. Em 1855 se tornou Comarca de Ubatuba e em 1944 à Estância Balneária. (Dados coletados com o Historiador Edson da Silva).