Os primórdios da povoação
Verificam-se relatos a respeito da Ilha de São Vicente apenas dois anos após o descobrimento oficial do Brasil, em 1502, com a expedição de Américo Vespúcio para o reconhecimento da costa brasileira. Ao passar pela ilha dantes conhecida pelos indígenas sob o nome de Goiaó (ou Guaiaó), a expedição decidiu dar-lhe o nome do santo do dia, São Vicente.
A coroa portuguesa interessou-se pouco pela região nos trinta anos que se seguiram à expedição. Durante este tempo, vários corsários e piratas acudiam à região em busca do pau-brasil, madeira nobre que era objeto de cobiça na época, largamente explorada pelos portugueses na Mata Atlântica abundante da região.
No entanto, em 1531, devido à decadência dos negócios da coroa portuguesa na Índia, o Brasil volta ao centro das atenções. Uma esquadra de demarcação e posse de territórios é enviada pelo monarca D. João III à Ilha de São Vicente. O chefe da esquadra, o navegador Martim Afonso de Sousa, encontra na entrada do atual estuário de Santos (Ponta da Praia) um pequeno povoado e um atracadouro, conhecido como Porto de São Vicente. Um dos degredados trazidos pela expedição de Américo Vespúcio, Cosme Fernandes, fundara aí essa colônia, e prosperava graças ao comércio com os indígenas. A vila de São Vicente também refletia a prosperidade das atividades econômicas de Fernandes.
Martim Afonso, no entanto, expulsa Cosme Fernandes das terras e ocupa o porto de São Vicente. Também distribui sesmarias na parte norte da ilha, conhecida como Enguaguaçu, onde se encontravam terras adequadas ao plantio. Aí se estabelecem colonizadores portugueses, tais como Luís de Góis (e sua esposa Catarina de Andrade), Domingos Pires, Pascoal Fernandes, Francisco Pinto, Rui Pinto e os irmãos José e Francisco Adorno, que construíram um engenho perto do atual Morro de São Bento. A vida do novo povoado, entre 1530 e 1543, passou a girar em torno do engenho e do plantio. Com a invasão e saqueio da vila de São Vicente por Cosme Fernandes, que se vingou por haver sido expulso em 1531 por Martim Afonso de Sousa, e com o maremoto posterior que danificou seriamente essa vila, a população do povoado do Enguaguaçu só fez crescer.
Em 1543, com o término da construção de uma capela num outeiro em homenagem a Santa Catarina por Luís de Góis, Brás Cubas conseguiu a transferência do Porto para o sítio do Enguaguaçu, que era mais seguro e o apoio do povoado era necessário para as embarcações que aportavam e para o fornecimento das mercadorias a exportar. O fidalgo português também levou a cabo a instalação de um hospital, nos moldes da Santa Casa de Lisboa, acelerando o desenvolvimento do local. O hospital foi denominado Santa Casa de Misericórdia de Todos os Santos, e é o primeiro hospital das Américas. O novo povoado de Enguaguaçu passou então a ser conhecido como o povoado de Todos os Santos. Uma outra hipótese sobre o nome Santos viria do porto de Santos que havia em Lisboa, semelhante ao local do novo povoado. Daí, então a região próxima ao Outeiro era conhecida como "Vila do Porto de Santos", e depois, apenas "Santos".
Dessa forma, o povoado cresce em importância: é elevado à condição de vila por Brás Cubas em 1546 (data controversa, o ano de 1543 também é defendido por certos historiadores), vivendo os seus primeiros anos de ocupação por imigrantes portugueses e espanhóis. A capela de Santa Catarina se tornou a Igreja Matriz da vila. Ainda hoje comenta-se o fato de Santos ser uma das poucas cidades que conhece exatamente o seu local de nascimento: o Outeiro de Santa Catarina, que ainda existe hoje.
Cquote1.png     Atribui-se a fundação de Santos a Brás Cubas, sertanista português que, em 1536, recebeu a mais vasta sesmaria do litoral da Capitania de São Vicente. Em 1543, Brás Cubas instalou às margens da baía a Casa de Misericórdia de Todos os Santos para abrigar doentes dos navios que chegavam da metrópole. O povoado, com nome simplificado de Santos foi elevado à categoria de vila em 1545

Desenvolvimento colonial
A segunda metade do século XVI foi significativa para Santos: criaram-se a Alfândega de Santos em 1550 — o mesmo ano da chegada dos padres jesuítas para a catequização dos índios tupis que ali moravam em núcleo, o arsenal de defesa em 1552, e instalou-se a ordem dos carmelitas em 1589. Mas também foi uma época em que Santos sofreu com a invasão e com os saques dos corsários, por ser um porto relativamente próspero.
O saque do pirata Thomas Cavendish, em 1591, deu origem em Santos à lenda do milagre de Nossa Senhora do Monte Serrat, padroeira da cidade. Conta a lenda que a população santista se refugiou num dos morros da cidade, o morro de São Jerônimo, para escapar aos piratas. Neste morro havia uma capela à qual um fidalgo espanhol trouxera uma imagem de Nossa Senhora de Montserrat (daí o nome dado ao morro, Monte Serrat). A população orava na capela de Montserrat quando os piratas começaram a subir para atacá-los e um deslizamento de terra, atribuído à Santa, os fez fugir. Desde então Nossa Senhora do Monte Serrat é celebrada como padroeira da cidade, e seu dia é comemorado no dia 8 de setembro. Cavendish também destruiu o Outeiro de Santa Catarina e o Engenho dos Erasmos, sendo um dos responsáveis pelo declínio da incipiente economia canavieira da Capitania de São Vicente.
No século XVII, seguindo uma tendência de toda a Capitania de São Vicente, a vila de Santos entra em um longo e lento processo de estagnação e posterior decadência. Muitos habitantes da vila, na tentativa de buscar uma atividade econômica, se juntavam aos habitantes da vila de São Paulo de Piratininga e partiam nas expedições conhecidas como bandeiras.
No fim do século XVIII, a vila retoma o desenvolvimento e sua população começa a crescer. A construção da Calçada do Lorena - estrada de ligação de Santos com São Paulo, o desenvolvimento na infra-estrutura (iluminação pública, melhoramentos no porto) e a posterior abertura dos portos brasileiros com a vinda da família real portuguesa reativaram o dinamismo econômico da vila.
Cabe destacar que vários episódios relacionados à independência do Brasil ocorreram em Santos, tais como a rebelião militar dos Quartéis de Santos liderada de Chaguinhas contra a tentativa das Cortes Constitucionais de Lisboa de fazer retroceder o Brasil à condição de colônia, e a passagem de D. Pedro I por Santos justo antes do célebre Grito da Independência. Aliás, note-se que o imperador nunca escondeu sua simpatia pela região, chegando a conferir à sua amante o título de Marquesa de Santos.

Elevação à categoria de cidade
Santos foi elevada à categoria de cidade em 26 de janeiro de 1839 quando a Assembléia Provincial (que hoje equivale a Assembléia Legislativa Estadual) resolveu aprovar uma Lei que elevou a Vila de Santos à condição de Cidade, assinada por Venâncio José Lisboa, presidente da Assembléia. Logo, comemora-se a cada dia 26 de janeiro o aniversário da cidade - não apenas o de sua elevação à categoria de Cidade, mas também o da sua fundação por Brás Cubas.
Abaixo segue transcrita a lei de elevação. Era curiosa a metodologia da escrita na forma de fazer e sancionar as leis na época: existia um cabeçalho realmente grande, alem do fato de a Lei ser específica (e não como ocorre atualmente, com nuances):
"O Dr. Venâncio José Lisboa, presidente da Província de São Paulo (Nota: Esse cargo equivale ao atual Governador), etc. Faço saber a todos os seu habitantes que a Assembléia Legislativa Provincial decretou e eu sancionei, a lei seguinte:
Artigo único – Fica elevada à categoria de Cidade de Santos, a Villa do mesmo nome, pátria do conselheiro José Bonifácio de Andrada e Silva, revogadas para isso as disposições em contrário (Nota: Já existia o hábito de escrever "Revoga-se ...", pois é mais fácil do que pesquisar o intrincado arquivo legislativo adotado até essa época). Mando, portanto a todas as autoridades a quem o conhecimento e execução da referida lei pertencer, que a cumpram e façam cumprir tão inteiramente como nella se contém. O Secretário desta Província a faça imprimir, publicar e correr. Dada no Palácio do Governo de São Paulo, aos 26 dias do mês de janeiro de 1.839. (a) Venâncio José Lisboa".
(Fonte: página da Prefeitura de Santos - com notas e observações não atinentes ao texto original)

Modernização de Santos
A economia do café no Brasil representou um impulso sem precedentes de crescimento para Santos. A inauguração da ferrovia São Paulo Railway ligando Santos às lavouras cafeeiras de Jundiaí em 1867 foi uma fonte de progresso inestimável, principalmente para o porto. A cidade aumentou sua população sobremaneira, ocupando toda a área entre o porto e o Monte Serrat, e as áreas conhecidas como Paquetá e Macuco. A cidade também fervilhava de idéias: foi um dos centros do movimento abolicionista, com a figura de Quintino de Lacerda e seu famoso quilombo no bairro do Jabaquara. O Teatro Guarany, primeiro grande teatro da cidade e palco de manifestações pela abolição, foi inaugurado em 1888.
Com a abolição da escravatura e a vinda de mão-de-obra italiana para substituir o trabalho dos negros, na agricultura, Santos se caracterizou como a porta de entrada do Brasil para os esperançosos imigrantes italianos e japoneses. Muitos deles acabaram se fixando na própria cidade ao invés de seguirem o destino até então traçado para eles.
O aumento populacional também acarretou problemas: uma grande epidemia de febre amarela em 1889 dizimou setecentas pessoas. Santos sofria constantemente com as doenças, com os alagamentos. A falta de saneamento básico era um problema, as doenças e os cortiços também. O Porto de Santos era temido, considerado o "porto da morte". Para sanar tais problemas, duas obras foram fundamentais: o Porto Organizado, inaugurado em 1892 pelos empresários Cândido Gaffrée e Eduardo Guinle, e o Saneamento de Santos, que é o responsável pelo fim definitivo das doenças e pela salubridade de Santos. A genialidade do projeto do engenheiro Saturnino de Brito teve o triplo mérito de drenar as planícies alagadas com os canais de drenagem - hoje marcos da paisagem urbana santista - de preservar a memória histórica do Centro e de ordenar a ocupação urbana da Ilha de São Vicente com um plano de ruas.

O século XX: o turismo e a luta pela autonomia
Santos se tornou definitivamente uma cidade turística a partir dos anos 10, com a construção dos hotéis Internacional e Parque Balneário e com a construção dos jardins da orla de Santos a partir de 1935. Até hoje, o turismo em Santos é uma das atividades econômicas principais, ligado principalmente às praias e ao patrimônio histórico.
Durante o regime militar de 1964, Santos teve a sua autonomia política suspensa: por abrigar o maior porto do Brasil, a cidade foi designada área de segurança nacional pelo governo, perdendo, assim, o direito de eleger prefeito. O prefeito eleito democraticamente Esmeraldo Tarquínio, foi cassado em 1968, o que representou um duro golpe para a cidade.
No início dos anos 80, com o enfraquecimento do regime, pressões políticas pela volta da autonomia cresceram. Finalmente, em 1983, Santos recuperou sua autonomia. A cidade elegeu de maneira democrática o primeiro prefeito em 20 anos, que era ao mesmo tempo um dos principais nomes do movimento pela autonomia: Oswaldo Justo (ligado ao PMDB).

Dias atuais
Durante a década de 1990, como resultado de um processo vindo já dos década de 1980, Santos enfrentou uma crise no turismo devido à piora na balneabilidade das suas praias. A cidade passou a recuperar-se a partir do início da década de 1990, em um trabalho de reversão da imagem negativa adquirida ao longo da década de 1970.
O comércio cresceu na cidade, e surgiram casas noturnas, agências de recepção turística, hotéis e flats. Em 1991, a Bienal de Artes Plásticas de Santos, interrompida por 18 anos, voltou a ser realizada, no intuito de recuperar a identidade cultural do município. A partir de 1993, a prefeitura passou a investir no turismo, com revitalizações paisagísticas e construções de ciclovias na cidade. Deste modo, Santos foi considerada a cidade mais visitada por turistas estrangeiros no litoral paulista.
Um navio de cruzeiro saindo do porto.
A partir de 1999 ocorreram projetos de revitalização da área central da cidade, reconhecida como Centro Histórico. Foram oferecidos incentivos fiscais às empresas em troca de restaurações de prédios depredados, o que melhorou consideravelmente seu aspecto e trouxe empresas para a região. Programações culturais e artísticas atraíram restaurantes e clubes, como a reativação do Teatro Coliseu Santista e a implantação do Bonde Turístico.