A colonização de Ipojuca teve início em 1560, após a expulsão dos índios Caetés e outras tribos do litoral sul de Pernambuco. A partir daí, os colonos puderam migrar para as terras férteis e ricas em massapê de Ipojuca; essas terras são bastante propícias para o cultivo da cana-de-açúcar, o que causou um rápido surgimento de diversos engenhos na região. Entre os pioneiros estavam as famílias Lacerda, Cavalcanti, Rolim e Moura.
Quando os holandeses invadiram Pernambuco, já haviam diversos engenhos estabelecidos na região. Este local participou da resistência aos holandeses, sob a liderança do Capitão-mor Amador de Araújo, em uma luta iniciada em 17 de julho de 1645. A derrota holandesa deu-se em 23 de julho de 1645.
Dessa forma Ipojuca consolidou-se como uma das mais importantes regiões do Sistema Colonial. Com dois portos - Suape e Porto de Galinhas - além da maior várzea de massapê do Nordeste, Ipojuca fazia parte do triangular comércio colonial; Galinhas ganhou esse nome porque era assim que se se referia aos escravos chegados da África, naquele período.
O distrito de Ipojuca foi criado pela lei municipal de nº 02, de 12 de novembro de 1895. A vila surgiu com sede na povoação de Nossa Senhora do Ó e depois foi transferida para a povoação de São Miguel de Ipojuca.
Com o Decreto estadual de nº 23, de 4 de outubro de 1890, a sede foi restabelecida em Nossa Senhora do Ó. Há inúmeras controvérsias sobre a data de fundação de Ipojuca, mas, segundo um vigário da freguesia seria no ano de 1596.
A origem do seu nome vem do tupi guarani Iapajuque, que significa Água Escura.