A história da cidade de Aracaju está fortemente relacionada à da cidade de São Cristóvão, pois era esta a antiga capital da capitania de Sergipe, atual estado de Sergipe. Foi a partir da decisão de mudança da cidade que abrigaria a capital provincial que Aracaju pôde existir e cresceu. Fundada em 1855, foi a segunda capital planejada de um estado brasileiro; seu formato remete a um tabuleiro de xadrez. Todas as ruas foram projetadas geometricamente, como um tabuleiro de xadrez, para desembocarem no rio Sergipe[carece de fontes?]. Até então, as cidades existentes antes do século XVII adaptavam-se às respectivas condições topográficas naturais, estabelecendo uma irregularidade no panorama urbano. O engenheiro Pirro contrapôs essa irregularidade e Aracaju foi, no Brasil, um dos primeiros exemplos de tal tendência geométrica[carece de fontes?].
São Cristóvão
No início da ocupação de povos não-indígenas onde hoje se encontra Aracaju e cidades vizinhas, esta região estava sob a jurisdição da capitania da Baía de Todos os Santos, que hoje é o estado da Bahia. A princípio, essa região era território do cacique Serigi, que dominava desde as margens do rio Sergipe até a do rio Vaza-Barris.
Em 1590, Cristóvão de Barros atacou as tribos do cacique Serigi e de seu irmão Siriri, matando-os e derrotando-os. Assim, no dia 1 de janeiro de 1590, Cristóvão Barros fundou a cidade de São Cristóvão junto à foz do rio Sergipe e define a capitania de Sergipe, ainda subordinada à Capitania da Baía de Todos os Santos. Mais tarde, a localização foi transferida para as margens do rio Poxim e, enfim, para o Rio Paramopama, afluente do Vaza-Barris.
Assim, São Cristóvão torna-se a capital da província. Diferente do que aconteceu nos outros estados da Região Nordeste, a capital de Sergipe ficava a mais de vinte quilômetros de distância do mar. Desta forma seus portos, por onde passavam navios, ficavam nos rios.
De povoado a capital
As terras onde hoje se encontra Aracaju originaram-se de sesmarias doadas a Pero Gonçalves por volta do ano de 1602.Eram compostas de 160 quilômetros de costa, mas em todas as margens não existia nenhuma vila, apenas povoados de pescadores.
Igreja do Santo Antônio, em um dos pontos mais altos de Aracaju
No ano de 1699 tem-se notícia de um povoado surgido às margens do rio Sergipe, próximo à região onde este deságua no mar, com o nome de Santo Antônio de Aracaju. Seu capitão era o indígena João Mulato. Em meados do século seguinte, em 1757, Santo Antônio de Aracaju vivia sem maiores crescimentos e já era incluída como sítio da freguesia de Nossa Senhora do Perpétuo Socorro do Tomar do Cotinguiba.
Na então capital de Sergipe, São Cristóvão, estava-se tendo dificuldades com relação aos portos. Como a capital ficava no interior do estado, a navegação até os portos era somente fluvial, o que era um inconveniente, uma vez que os maiores navios não tinham passagem por conta da tonelagem, fazendo os portos sergipanos servirem apenas para pequenas embarcações.
A partir e 1854, a praia que hoje é de território de Aracaju, perto da foz do Rio Sergipe, despertou grande interesse do governo da província de Sergipe, que transferiu a Alfândega e a Mesa de Rendas Provinciais para aquele local e construiu uma Agência do Correio e uma Sub-Delegacia Policial. Além disso, um porto foi construído na praia, denominada "Atalaia".
A província necessitava de um porto de porte maior para seu progresso. No dia 2 de março de 1855, a Assembleia Legislativa da Província abriu sessão em uma das poucas casas existentes na Praia de Atalaia. Nesta sessão, tendo previamente analisado a situação em que se encontrava a província, Inácio Joaquim Barbosa, o primeiro presidente da Província de Sergipe Del Rey, decidiu transferir a capital de Sergipe, que era São Cristóvão, para a cidade portuária que seria erguida ali. A decisão foi recebida com grande surpresa pelos presentes.
Assim, no dia 17 de março de 1855, Inácio Joaquim Barbosa apresentou o projeto de elevação do povoado de Santo Antônio de Aracaju à categoria de cidade e a transferência da capital da província para esta nova cidade, que foi chamada simplesmente de Aracaju. Foi um dos momentos mais importantes e de maior repercussão da história de Sergipe. A nova localização da capital iria beneficiar o escoamento da produção principalmente açucareira da época, além de representar um local mais adequado para a sede do governo para o desenvolvimento futuro. A cidade de São Cristóvão não se revoltou de forma violenta contra a decisão, tendo apenas feito manifestações de protesto.
Dessa forma Aracaju passou à frente de várias cidades já estruturadas, com melhores condições enquanto desenvolvimento urbano. Cidades como Laranjeiras, Maruim e Itaporanga se apresentavam em condição superior à de Aracaju.
Desde então, Inácio Joaquim Barbosa vem sendo considerado o "fundador de Aracaju", tendo atualmente um monumento em sua homenagem na Orla de Atalaia. Por não se ter tido êxito em encontrar nenhum retrato do primeiro presidente de Sergipe, o monumento não é uma estátua, mas uma estrutura de aço de 5,5 metros de altura e 2.200 quilos.

Horizonte de Aracaju
Como Aracaju surgiu com o objetivo de sediar a capital da província de Sergipe del-Rei, que até este momento se localizava na cidade de São Cristóvão, segundo alguns historiadores, Aracaju foi idealizada com "planejamento urbano" desde o início, pois as primeiras ruas estão organizadas de forma a lembrar um tabuleiro de xadrez.
O responsável pelo desenho da cidade de Aracaju foi o engenheiro Sebastião Basílio Pirro. A construção da cidade apresentou algumas dificuldades de engenharia, pois a região continha muitos pântanos, pequenos lagos e mangues.
Apesar de se saber o dia exato de fundação da cidade, não se sabe com certeza qual foi o ponto inicial urbano. É provável que ela tenha sido ocupada a partir da atual Praça General Valadão, onde se situava o porto