A costa do atual Estado de Alagoas, reconhecida desde as primeiras expedições portuguesas, desde cedo também foi visitada por embarcações de outras nacionalidades para o escambo de pau-brasil (Caesalpinia echinata).
Quando da instituição do sistema de Capitanias Hereditárias (1534), integrava a Capitania de Pernambuco, e a sua ocupação remonta à fundação da vila do Penedo (1545), às margens do rio São Francisco, pelo donatário Duarte Coelho, que incentivou a fundação de engenhos na região. Palco do naufrágio da Nau Nossa Senhora da Ajuda e subseqüente massacre dos sobreviventes, entre os quais o Bispo D. Pero Fernandes Sardinha, pelos Caeté (1556), o episódio serviu de justificativa para a guerra de extermínio movida contra esse grupo indígenas pela Coroa portuguesa.
Ao se iniciar o século XVII, além da lavoura de cana-de-açúcar, a região de Alagoas era expressiva produtora regional de farinha de mandioca, tabaco, gado e peixe seco, consumidos na Capitania de Pernambuco. Durante as invasões holandesas do Brasil (1630-1654), o seu litoral se tornou palco de violentos combates, enquanto que, nas serras de seu interior, se multiplicaram os quilombos, com os africanos evadidos dos engenhos de Pernambuco e da Bahia. Palmares, o mais famoso, chegou a contar com vinte mil pessoas no seu apogeu.
Constituiu-se em Comarca de Alagoas em 1711, e foi desligado da Capitania de Pernambuco (Decreto de 16 de setembro de 1817), em conseqüência da Revolução Pernambucana daquele ano. O seu primeiro governador, Sebastião Francisco de Melo e Póvoas, assumiu a função a 22 de janeiro de 1819.
Durante o Brasil Império (1822-1889), sofreu os reflexos de movimentos como a Confederação do Equador (1824) e a Cabanagem (1835-1840). A Lei Provincial de 9 de dezembro de 1839 transferiu a capital da Província da cidade de Alagoas (hoje Marechal Deodoro), para a vila de Maceió, então elevada a cidade.
A primeira Constituição do Estado foi assinada em 11 de junho de 1891, em meio a graves agitações políticas que assinalaram o início da vida republicana. Os dois primeiros presidentes da República do Brasil, Deodoro da Fonseca e Floriano Peixoto, nasceram no estado.

Quilombo dos Palmares
O Quilombo dos Palmares localizava-se na serra da Barriga, região hoje pertencente ao estado brasileiro de Alagoas. Foi o mais emblemático dos quilombos formados no período colonial, tendo resistido por mais de um século, o seu mito transformando-se em moderno símbolo da resistência do africano à escravatura, ainda que, paradoxalmente, tenha-se conhecimento do uso de escravos em muitos quilombos.

A ação de Domingos Jorge Velho
Após várias investidas relativamente infrutíferas contra Palmares, o governador e Capitão-general da capitania de Pernambuco, Caetano de Melo e Castro, contratou o bandeirante Domingos Jorge Velho e o Capitão-mor Bernardo Vieira de Melo para erradicar de vez a ameaça dos escravos fugitivos na região.
O quilombo passou a ser atacado pelas forças do bandeirante e, mesmo experientes na guerra de extermínio, tiveram grandes dificuldades em vencer as táticas dos quilombolas, mais elaboradas que a dos indígenas com quem haviam tido contato. Adicionalmente, tiveram problemas para contornar a inimizade surgida com os colonos da região, vítimas de saques dos bandeirantes em diversas ocasiões.
Em janeiro de 1694, após um ataque frustrado, as forças do bandeirante iniciaram uma empreitada vitoriosa, com um contingente de seis mil homens, bem armados e municiados, inclusive com artilharia. Um quilombola, Antônio Soares, foi capturado e, mediante a promessa de Domingos Jorge Velho de que seria libertado em troca da revelação do esconderijo do líder, Zumbi foi encurralado e morto em uma emboscada, a 20 de novembro de 1695.
A cabeça de Zumbi foi cortada e conduzida para Recife, onde foi exposta em praça pública, no alto de um mastro, para servir de exemplo a outros escravos.
Sem a liderança militar de Zumbi, por volta do ano de 1710, o quilombo desfez-se por completo.